南水北调东线水源保护区，是我国在经济发达地区建设的第一个国家级生态功能保护区，分布在扬州的大部分地区和泰州市部分地区，保护区规划面积6161平方公里。

　　为了保证南水北调对水质的要求，大纲提出，加大区域水环境综合整治力度，创新生态功能保护区的管理模式，合理控制对环境破坏严重的产业部门的数量和规模，采取特殊政策鼓励具有区域特色、体现区域优势的无污染产业部门的发展，发展节水型、环保型、生态型产业。

　　按照规划要求，将重点建设城镇工业及生活污水截流处理、水源区面源控制、输水干线整治与湿地保护、生态林网与生态廊道建设、生态环境监测等五大工程建设，对长江、京杭大运河等主要输水干道及周边水域执行Ⅱ～Ⅲ类水质标准。