业界提出质疑
水务署工会联席会议发言人谭永泰：没有经过全面风险评估而贸然将公私合营模式应用在沙田滤水厂上，可以说，政府完全是为了公私合营而公私合营。他还表示，联会已致函给特首董建华，联会坚决反对将公私营机构伙伴合作计划」应用于供水事务上的立场，希望政府考虑搁置计划。
政府水务专业人员协会主席刘兆机：政府自去年始推行沙田滤水厂的公私合营概念，并做了两份报告，但内容不完整且很偏颇，无法体现政府有长远而完整的供水政策外，在供水监管、水价、水质保证方面都存有问题。
香港工联会立法会议员邝志坚：虽然公司化已经停止，但公私营合作（3P）没有停止，政府在引进私营机构合作机制时，难免影响公务员的职业稳定。例如沙田滤水厂若以公私营合作模式进行重建，可能严重影响水务署800名员工的职位、士气，进而影响食水质素，更可能导致水费加价而影响民生。
公司合营之忧
忧虑一：市民恐捱贵水
由于政府未定下完整的供水政策，因此推行公私合营会对供水监管、水价和水质保证造成影响。香港供水系统网络严密，一环扣一环，沙田滤水厂是最中心的一环。一但松开，其余各供水设施势将逐步被私人财团蚕食，届时市民无可避免要受“贵水”之苦。
忧虑二：浪费六十亿元
沙田滤水厂的重建工程其实也有节省空间，因为沙田滤水厂是独立运作，其它部分只是将其输水量不断加快，达到最终要求，现有的工程已很具弹性，未必需要用尽六十亿。但若与承办商签下合约，即使将来发现没有需要扩建，都需履行合约要求，白白浪费六十亿。
忧虑三：影响800员工
引进私营机构合作机制时，难免影响公务员的职业稳定。例如沙田滤水厂若以公私营合作模式进行重建，可能严重影响水务署800名员工的职位、士气，进而影响食水质素，更可能导致水费加价而影响民生。
滤水厂何去何从
香港重建沙田滤水厂势在必行，但是否公私合营尚无定论。不容否认的是公私合营有助提升公共服务的效率和质量。目前，政府可从中受惠的公私合营模式是“建造－拥有－营运——移交”模式，它风险较低，成功机会可能较大。而且重建后的滤水厂应充分考虑供水服务区方案：小规模方案只涉及沙田南、中规模方案会包括沙田南和九龙中、最大规模方案可服务沙田南和整个九龙。专家认为，中规模和最大规模两个方案均能让私人营办商受惠，成本效益甚佳。但是，不论采纳什么方案，水务署仍应负责水费及相关费用的发单及收费服务。总之，滤水厂是否公司合营，需要进行全面供水的风险评估，订出长远的水务策略，使得政府、企业及公众均获利。
