本次普查由省水务局委托省水文水资源勘测局承担实施，从2005年6月开始。普查登记的入河排污口共有774个，全省入河废污水总量为25727.08万吨/年，其中城镇生活类占78.92%，工业类占15.84%。入河废污水量最大的是海口市，入河量为13425万吨/年，占全省入河废污水量的52.18%；其次是三亚、儋州和琼海。我省水污染的主要类型为耗氧有机物和石油类。
城镇生活污水是污染城镇河段的主要污染源。目前全省除了海口和三亚市有污水处理厂外，其他市县城区均未建污水处理厂。即使是海口和三亚污水处理率也只达到70%和50%。其他市县城镇生活污水排放都是通过市政排水系统，雨水和污水合流，未经处理就近直接排入江河。除海口和三亚外，其他城镇生活污水入河排污口的设置没有整体规划，比较混乱，同时几乎没有进行任何管理。
由于污水处理建设滞后，大量生活污水未经任何处理直接排放，下游城镇生活饮用水源不断受上游城镇污水和沿岸废污水的威胁。由于水源受到污染，自来水水质净化处理工艺越来越复杂，成本倍增，甚至迫使一些自来水厂停产或搬迁取水口，如海口的米铺水厂、陵水县城自来水厂等。
近几年来，我省几乎每年都有突发性水污染事故发生，致使城镇主要饮用水源受到严重污染。如2003年一辆载满农药的汽车翻入南渡江的岭北水库和2004年龙塘糖厂偷排废水污染南渡江海口龙塘饮用水源地特大污染事故，造成海口市100多万人饮水困难，严重影响社会稳定。据2005年我省农村饮水安全调查统计，截至2004年底，由水质污染引起全省农村饮水不安全人口高达100多万人。
(来源：海南新闻网-海南日报, 作者：记者单憬岗、通讯员廖军报道，记者吴棉摄影，2006-01-08)
