为确保社区卫生服务机构的污水达标排放，杭州市环保局、卫生局规定:设置床位的社区卫生服务中心，必须采用机械投药的污水处理设备处理污水；不设床位的社区卫生服务中心(站)，可采用消毒箱(污水处理箱)对污水进行处理；有条件的社区卫生服务机构，如果外部纳管条件成熟的，必须将经处理的污水纳管。
在管理上，各社区卫生服务机构必须明确专人，进行日常管理，建立台账制度，记录每天的投药量和监测结果，污水处理设备必须设置自检口，每天两次进行总余氯的检测(比色法)；社区卫生服务机构要确保污水处理设施正常运行，要求提供由疾控部门出具的污水微生物监测报告(指标:总余氯、粪大肠菌群、肠道致病菌)，并确保达标排放。
在杭州市区，社区的卫生服务机构发展较快。每个社区普遍拥有1个卫生服务机构，规模大点的有卫生服务中心，小点的有卫生服务站。据统计，市区到目前已有卫生服务机构267家。
