由于中山市城市布局为组团式布局，各片区相距较远，并且被河流、山峦自然分开，污水难以集中，需要进行相应的分区分散处理，但由于行政区域划分、管理及各镇区利益等问题，该污水建设规划在实施过程中遇到了一些难题。如二期工程中存在较多镇区间合建污水处理工程的问题，其中沙溪、五桂山中心区污水进入中嘉污水厂，火炬西片区、五桂山长命水片区污水进入珍家山污水厂，南区树涌片区污水进入大涌污水厂，五桂山桂南片区污水进入三乡污水厂，三乡白石片区污水进入神湾污水厂，小榄南片区污水进入横栏污水厂，沙朗片区、石特片区污水进入东升污水厂等。由于镇区间协调困难，矛盾较多，如不尽快解决问题，随着各镇二期污水工程的上马，将变成以镇区为单位建设污水工程，难以实现基础设施共享的规划目的。此外，污水处理厂的污泥最终处置问题没有明确；北部组团部分镇区的污水处理厂，其尾水排放与水源保护区存在矛盾。这些都给规划实施带来了难度。
市规划部门已针对上述问题组织研究，从规划角度提出相关对策报送市政府，以尽快破解难题，促进规划的落实。
