由于新疆特殊的自然地理环境和经济原因，许多农牧民一直饮用不卫生的涝坝水、氟砷超标的浅层地下水。新疆生产建设条件更加艰苦，大部分团场分布于河流下游、沙漠边缘和盐碱荒滩上。直到1999年，新疆兵团240万人中仍有近百万人面临饮水难题，许多人饮用的是未经处理的河渠水。

从1995年开始，中央加大了对新疆农村人畜饮水工程建设的投入力度。尤其是西部大开发以来，投资力度更大。国家先后用于地方、兵团的引水、改水投入超过20亿元人民币。据统计，截至目前，新疆已解决了877万农牧民的饮水困难，新疆生产建设兵团也已经完成250多项集中供水工程，基本解决了生态恶劣团场的饮水困难，70多万兵团将士告别了水荒。