平均海拔４０００米以上的青藏高原上分布着由冰川形成的众多天然固体水库，成为长江、黄河、澜沧江等数十条江河的主要补给水源，也是维系整个江河流域水资源平衡的调节器，对亚洲乃至世界的水量平衡以及气候变化起着巨大的调控作用，因此，人们形象地称之为“亚洲水塔”。

如何保护江河水系成为青藏铁路建设面临的巨大难题。青藏铁路建设总指挥部总指挥长卢春房说，青藏铁路将三江源（指长江、黄河、澜沧江）、错那湖等作为重点，同时加大对植被、野生动物、湿地和自然保护区的保护力度。

在长江源特大桥施工中，建设单位将施工中产生的泥浆进行严格的二次沉淀处理，严禁将泥浆直接排入河中；沉淀池析出的水用于路基施工和便道洒水。

错那湖是怒江的发源地之一，也是青藏铁路环保重点控制区。记者在错那湖边看到，建设者用沙袋垒起的“环保长城”将施工现场与湖水隔离。建设单位还制定了“苛刻”的规定：任何单位和人员不准向湖水排放污水和垃圾，违反者立即下岗。

美丽的藏北草原是青藏铁路全线沼泽湿地最丰富的地段，建设者们为了保护湿地，在建设路基时采取土工隔栅的环保新工艺，有效地减少占地面积。兰州青藏铁路工程指挥部副指挥长李荣和说：“我们采取土工隔栅措施减少占地面积２０亩，但增加投资达２０００万元，这在铁路建设史上是没有先例的。”